O retorno dos cristais começa em Final Fantasy IX.

Zidane Tribal, um jovem ladrão que tem como principal objetivo sequestrar a filha da Rainha Brahne, a princesa Princess Garnet Til Alexandros XVII, durante a apresentação de uma peça de teatro, chamada, Eu Quero Ser o seu Canário (I Want To Be Your Canary). O que ninguém esperava, é que Garnet, queria ser seqüestrada.

No meio de toda essa confusão, um jovem Black Mage, Vivi Orunitia, que apenas queria assistir a peça de teatro, acaba entrando no meio da apresentação teatral, na tentativa de escapar de guardas reais, que descobriram que ele e seu amigo entraram sem pagar. Sem ter mais alternativas, Vivi acaba fugindo com Zidane e seu grupo que levam consigo a princesa Garnet, mesmo com a rainha tentando matá-los, eles seguem em uma embarcação voadora, até caírem em uma floresta, onde a história toda tem o seu real início...