Passaram-se dois anos desde que Sin fora derrotado. Agora, a paz e tranquilidade reinam no mundo de Spira e Yuna vive sua vida lamentando a perda de seu amado. Mas existe algo de errado.

Estranhas esferas começaram a surgir pelo mundo, estas esferas continham imagens estranhas, memórias de alguém, e esse alguém era Tidus, o amor perdido de Yuna, em algumas dessas esferas, Tidus clamava por socorro, o quer dizer que ele não veio realmente a morrer após o incidente com Sin, mas será mesmo que isso é possível? É isso que Yuna quer descobrir por todas as leis do mundo!