Após o fim de uma das maiores ameaças a Cocoon, que nada mais é do que uma utopia da raça humana que visava a paz e prosperidade, o povo do planeta inteiro recebeu o que mais esperava, tempos de tranquilidade e todos acreditavam que poderia durar pra sempre.

Mas a descoberta de um fal'Cie nada amigável esmagou toda a tranquilidade de todas as criaturas e fez isso de uma forma estrondosa. Este fal'Cie acordou de seu sono profundo e começou a amaldiçoar a todos os humanos que encontrou no caminho, tornando a todos l'Cie, criaturas que se tornaram seus serviçais.

Depois de treze dias de destinos interligados, a batalha final se inicia e sete anos depois de Lightning e os demais terem salvo Coccon, alguns sobreviventes escolheram reconstruir Gran Pulse, mas Lightning não existe mais, simplesmente desapareceu, sem nem ao menos ter deixado provas de que pode estar morta.

Sarah acredita fielmente que a irmã continua viva, ela não sabe como, mas pretende ir atrás dela de qualquer jeito e no decorrer dessa jornada, um jovem misterioso chamado Noel aparece e salva ela da morte e une-se a Sarah em procura da Lightning.