Uma personagem secreta no mundo de Final Fantasy VII, mas que pode se juntar a você e se você permitir, enxergará nessa pequena criança travessa, um grandioso Ninja. Yuffie é infantil e muito atrapalhada e com as respostas erradas, você pode sair perdendo muita coisa, pois além disso é uma pequena ladra e muito, mas muito habilidosa. Yuffie pode ser encontrada em qualquer floresta do planeta e pode entrar para seu grupo, desde que você dê a ela as resposta corretas, ou seja, nunca se interesse pelo que ela disser.

Nos seus meros 16 anos, você em Yuffie uma garota mimada e bem espertinha, que rouba a todos em um piscar de olhos, mas por trás dessa menininha, esconde-se alguém que tem o objetivo maior do que o seu povo, reerguer Wutai, lugar onde nasceu e que ficou um caos após a Shinra ter invadido e drenado todas as riquezas do local, Yuffie tem um objetivo, roubar o máximo de Matérias e leva-las a Wutai para tentar reaquecer a economia local. Não é a toa que ela se auto denomina Caçadora de Matérias (Materia Hunter).

Quando você chega a Wutai, Yuffie irá desaparecer do seu grupo e de repente, Cloud e Tifa notarão que suas matérias não estão mais com eles, assim como todo o resto do grupo e toda a sua reserva de matérias terão desaparecido, exatamente, Yuffie ao colocar os pés no seu continente natal, desaparece com as matérias de todos os personagens e você ficará a ver navios.

Quando chegar a Wutai, notará que está não é a melhor cidade que você poderia encontrar (também não é a pior), mas Wutai já foi muito rica e agora Yuffie quer isso de volta para seu povo, mas primeiro, terá de enfrentar o maior de seus desafios, a ira de seu pai.

O pai de Yuffie é uma espécie de rei em Wutai e é protegido por 5 grandes guerreiros, Yuffie sozinha entra em batalha contra todos os cinco, e então enfrenta e derrota seu pai, que era completamente contra a posição da filha de se sair pelo mundo a fora, mas após ser derrotado, ele começa a enxergar melhor o ponto de vista de sua filha.